При вылете из Испании могут занести, а могут нет. Смотря откуда вы вылетаете. Из Валенсии, Аликанте или из итальянского Бергамо насколько я знаю не заносят данные в комп.
Я так вылетал с пустым новым паспортом из Бергамо. Тархету у меня посмотрели только из моих рук по факту - погранец ее даже в руки не брал.
Так что с этим проблем не должно быть.
Другой вопрос, что при получении шенгенской визы вы попадете в их общую базу. Хотя паспорта и гражданства разные - фиг знает - тут могут возникнуть вопросы по совпадению имени и даты рождения.